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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。
全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
重庆涪陵小田溪墓群清理一批商周遗存 现早期巴人活动踪迹******
中新网重庆1月17日电 (景诗雁)记者17日从重庆市文物考古研究院获悉，位于三峡库区的重庆涪陵小田溪墓群2022年完成阶段性考古发掘，清理出一批重要商周时期遗存，找到了早期巴人活动的踪迹。
该成果对建立乌江流域先秦时期考古学时空框架，研究乌江流域早期巴文化的陶器组合及其规律、巴人迁徙路线，以及研究商周时期该地区与四川、贵州、湖南、湖北等地区的文化交流、传播等学术课题具有重要意义。
图为重庆涪陵小田溪墓群考古的H3区域。 重庆市文物考古研究院供图据介绍，小田溪墓群位于涪陵区白涛街道小田溪村，乌江西岸的一二级台地上。涪陵小田溪墓群考古是“川渝地区巴蜀文明进程研究”项目之一，2022年实施考古发掘面积500平方米。根据遗址的文化内涵，考古队将遗址分三个区开展工作，重点工作在其中的陈家嘴地点、网背沱地点两个区域展开。
“本年度最重要的发现是在网背沱发现了丰富的商周遗存，H3体量巨大，出土陶片2300余件，从出土品看，主要有尖底器、圜底器、平底器、圈足器等。”重庆市文物考古研究院文物考古研究所文博副研究馆员燕妮说，考古队在H3采集了两个炭样标本，时代约在商代晚期，考虑到木炭的年代一般早于遗迹的形成年代，结合器型比对结果，认为H3遗存时代应大致在商末至西周初期，个别器物可晚至西周早期，系发现早期巴人在乌江流域活动的实证，为研究乌江流域先秦遗存提供了最新材料。
图为重庆涪陵小田溪墓群考古出土的子母口尖底盏。 重庆市文物考古研究院供图据介绍，网背沱商周遗存文化面貌复杂，但其主体陶器群仍以尖底杯、角杯、子母口尖底盏、小平底罐、圜底罐(釜)为主，总体与峡江地区更为接近，展现出成都平原、峡江地区、陕南地区以及川西高原多文化汇聚融合的历史场景。
燕妮称，涪陵小田溪墓群还出土了大量动物骨骼，实证遗址的生业模式。经初步鉴定，该遗址出土的动物骨骼有哺乳动物类、鱼类、鸟类、爬行动物四大类，说明野生动物仍然占据绝大部分，虽然有部分猪的骨骼，但渔猎经济仍然占据绝对优势。(完)
（文图：赵筱尘 巫邓炎） [责编：天天中] 阅读剩余全文（）  视觉焦点
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